Construido inicialmente como capilla -seguramente- es atribuible al primer obispo de Michoacán, don Vasco de Quiroga, su edificación como parte constitutiva del Hospital de Indios que él habría levantado aquí alrededor de 1550, es similar a otros que fundó en la ciudad de México y la provincia michoacana. No existe prueba documental de ello pero la tradición lo señala, al igu4 que su nombre: Templo del Hospitalito, el cual hace referencia a su origen y dependencia. Su nombre original, Templo de Nuestra Señora de la Misericordia de los In dios Tarascos, señala no sólo a esta Señora como primera patrona de Irapuato sino el asiento de su templo en un floreciente barrio indígena del siglo XVI.
Si la capilla se inició en el siglo XVI, el interior se terminó en el año 1713, dato que aparece en la clave del arco formero sobre el presbiterio: "Año de 1713". La fachada, sin embargo, fue terminada hasta el año de 1733, como lo señala la siguiente inscripción en la portada: "lo entalló Crispín Lorenzo 1733".
La imagen escultórica, hecha de pasta de caña de maíz pero con escuela española que se encuentra ahora en el nicho izquierdo del retablo mayor, representa a su titular y en el centro del mismo se venera a la imagen del Señor de la Humildad, que la devoción ha modificado por Señor de la Misericordia, fabricado igualmente con pasta de caña de maíz, técnica local, y atribuible a manos indígenas con la dirección de Tata Vasco.
La planta es de cruz latina y su bóveda es de crucería, dividida cada una por arcos fajones y terminada en una imposta.
Los actuales altares laterales y el mayor con su retablo son neoclásicos, producto del mandato de la iglesia católica que en el siglo pasado precisaba que la madera dorada era para la hoguera, mandato que trajo consigo la demolición de los seguramente muy bellos retablos barrocos de oro de esta pequeña capilla.
La fachada es barroca por las características de composición de sus diferentes elementos, tales como: columnas salomónicas pareadas y arquitrabadas en toda la extensión de la portada, y sus molduraciones tan pródigas todas relacionadas iconográficamente con Cristo. La portada a su vez se encuentra cobijada por un gran frontón semicircular rematado por un gran saledizo de molduraciones orgánicas, el cual muestra en su muro piñón las figuras en relieve del sol y la luna, símbolos representados con la Purísima Concepción, cuya figuración escultórica se encuentra rematando el conjunto en un nicho central, e igualmente relacionados con los dioses tarascos del día y de la noche, Ruriata y Cutzi, respectivamente.
Figuras principales en su fachada son las gárgolas de cantera que en forma de animales cumplen su función de bajar las aguas pluviales de la cubierta, representativas además de la costumbre de la arquitectura conventual en la Nueva España durante el siglo XVI, a la manera de la arquitectura gótica, de utilizar este elemento para representar animales, demonios y seres fantásticos.
La restauración exterior actual se realizó en 1964 dentro de las obras del Plan Guanajuato, que para Irapuato aplicó el entonces gobernador del estado, licenciado Juan José Torres Landa; un año después su interior fue restaurado.
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